يقع المتحف في الدور الأرضي بالمبنى القديم للكلية بقسم الجيولوجيا وهو من أقدم المتاحف الجيولوجية بمصر حيث يرجع تاريخ إنشاؤه إلى الخمسينيات مع إفتتاح جامعة عين شمس. ويحتوي المتحف على مجموعات متنوعة من الصخور والمعادن والحفريات والظواهر الجيولوجية التي تساعد الطلاب والباحثين في مجالات جيولوجية مختلفة . ويحتوي المتحف على أكثر من 3000 عينة قام بجمعها أعضاء هيئة التدريس بالقسم ومعاونوهم من خلال رحلاتهم البحثية أو المنهجية إلى جميع مناطق مصر .

كما يضم المتحف أيضا مجموعات من العينات النموذجية التي جمعت من قبل بعض العلماء الأجانب أو خريجي القسم وهي:

* مجموعة الملك فاروق : قامت حكومة الثورة بإهدائها إلى قسم الجيولوجيا حيث تحتوي على 250 عينة من مقتنيات الملك فاروق من المعادن والصخور والحفريات الفقارية واللافقارية وبعض الظواهر الجيولوجية في صحاري مصر .

* مجموعة المعادن والصخور : تضم عينات نموذجية من المعادن والصخور قام بجمعها الألماني كرانتز حيث تحتوي على أكثر من 500 عينة من المعادن و600 عينة من الصخور النارية والرسوبية المتحولة .

*  مجموعة جيولوجيا مصر : تحتوي على 300 عينة من الحفريات الكبيرة والدقيقة حيث تضم معظم شعب المملكة الحيوانية ومجموعة من الحفريات النباتية .

* مجموعة الحفريات والتتابع الحفري : تحتوي هذه المجموعة على أكثر من 600 عينة من الحفريات العالمية المرشدة لمراحل العمود الجيولوجي وتحتوي على أكثر من 300 عينة من الحفريات اللافقاربة .

* مجموعة الجمعية المصرية لعلم الرسوبيات : تحتوي على أكثر من 300 عينة للأنواع المختلفة للصخور الرسوبية وأهميتها الاقتصادية بمصر ودورها في تقويم الحضارة المصرية وقام بإعدادها أ.د. سليمان محمود سليمان .

* مجموعة الأستاذ الدكتور / حيدر عنان : قام بإهدائها أ.د. حيدر سليم عنان العضو السابق بالقسم وتحتوي على حوالي 200 عينة تمثل أنواعا مختلفة من الصخور والمعادن الإقتصادية والحفريات .