جامعة "أون" تأسست منذ حوالي 5000 سنة مضت، وكانت ذات شهرة واسعة ومركزًا مهمًا للمعرفة والتعلم، خاصة في علوم الفلك والهندسة والطب، وكان من بين روادها زوي المهارة والمعرفة "أمحتوب" الكاهن الرئيسي والوزير والمصمم الذي صمم أول التراكيب الكبيرة للحجارة قبل 2700 سنة قبل الميلاد، وعُرفَ في التاريخ باسم "زوسر" في "سقارة"، ويكشف ورق البردي " Westcar" أيضًا بأن مؤسس السلالة الخامسة كان خوري جامعة "أون" قبل اعتلاء العرش.
ويُعد الإنجاز الأكثر أهمية لجامعة "أون" هو النداء لعبادة الإله الوحيد، القرص الشمسي "لاتون"، على يدي "اخناتون" الذي نادى بأفكار كهنة "أون".
شعار الجامعة، المسلّة والصقران، ويوضح الشعار مدى الترابط بين الاسم والتاريخ القديم للجامعة، وتمثل المسلة بيت الحياة في مدينة أون، بينما يرمز الصقران إلى الإله المصري في ذلك الوقت.
الجامعة الآن تقع في منطقة قصر الزعفران، الذي بني أثناء حكم الخديوي إسماعيل، وسمي القصر بهذا الاسم لأن المنطقة المحيطة به كانت مشهورة بمزارع الزعفران.
جامعة عين شمس تشمل سبعة حُرم جامعية، جميعها محددة في القاهرة، إدارة الجامعةَ، كلية الآداب والحقوق والعلوم وحاسبات ومعلومات والآثار والإعلام، كلهم موجودون في الحرم الجامعي الرئيسي في شارع الخليفة المأمون بالعباسية؛ أما كليات التجارة والألسن والصيدلة وطب الأسنان وكلية الطفولة ومعهد الدراسات العليا للبيئة، فموجودون سويًا مع المستشفى التخصصي ويقعون في الحرم الجامعي الثاني على الجانب الآخر من الشارع نفسه؛ وبالنسبة لكليتي الطب والتمريض فموجودتان سويًا في مستشفيات الجامعة الواقعة في الحرم الجامعي الثالث في العباسية؛ أما كليات الهندسة، التربية النوعية، التربية، البنات، الزراعة فتقع كُلّ منها على حدى في حرم جامعي منفصل بدءً من العباسية، هليوبوليس، شبرا الخيمة على التوالي.