تعد المكتبة العصب الرئيسي للمركز باعتبارها القاعدة الطبيعية لإجراء الأبحاث والدراسات المتعلقة بالشرق الأوسط وقضاياه ومشكلاته.
وتضم المكتبة أكثر من أربعة عشر ألف كتاب منها حوالي ثمانية آلاف كتاب باللغة العربية، وحوالي ستة آلاف كتاب باللغات الأجنبية المختلفة.
وتتناول الكتب البحوث والدراسات التاريخية والاقتصادية والاجتماعية والسياسية والعسكرية والإعلامية، وتعالج مختلف القضايا التي تمس الشرق الأوسط بشكل خاص، والقضايا العالمية بشكل عام.
وأما بالنسبة للدوريات فإضافة إلى الدوريات العربية والأجنبية المختلفة التي ترد للمركز على سبيل الإهداء، فإن المركز يشترك في عدد من الدوريات العربية والأجنبية المهمة.
وتضم المكتبة مجموعة من القواميس العربية والأجنبية باللغات العربية والإنجليزية والعبرية والفرنسية والإسبانية والألمانية والروسية والإيطالية والأوردية، كما أن هناك قواميس اقتصادية واجتماعية وسياسية وجغرافية ودبلوماسية وقاموس للغة العثمانية.
كما تضم المكتبة عددًا من الموسوعات السياسية والقومية والنفسية واليهودية والصهيونية والعبرية، وموسوعات تتعلق بحقوق الإنسان وتاريخ مصر الحديث والمعاصر،وتاريخ العرب الحديث والمعاصر والتاريخ الأوروبي، والتاريخ الإسلامي وتاريخ العالم وخامات الفوسفات.
كما يوجد بالمكتبة مجموعة من دوائر المعارف الأجنبية مثل دوائر المعارف البريطانية والأمريكية والأفريقية والإسلامية واليهودية والعبرية والصهيونية وإسرائيل والشرق الأوسط، والتي نشرت في سنوات مختلفة إعتبارًا من عام 1928 حتى عام 1988م.
ولعل من أهم ما تحتويه مكتبة المركز مجموعة من رسائل الماجستير والدكتوراه التي أجيزت بالجامعات الأمريكية والبريطانية عن فلسطين وإسرائيل تتناول الفترة بين عامي 1948 و 1973م (تبلغ 58 رسالة).
وتضم المكتبة أيضًا مجموعة مختلفة من الوثائق الأمريكية تتعلق بالسياسة الأمريكية تجاه دول الشرق الأوسط، وتتناول الفترة بين عامي 1940، 1980م.
