تتمثل قيمة متحف الزعفران في مجموعاته الأثرية الاستثنائية التي تعبر عن تطور الفن المصري القديم عبر العصور. تشمل مجموعاته بعض القطع االثرية التي عثر عليها في حفائر جامعة عين شمس في منطقة عرب الحصن وكذلك بعض القطع التي تمت استعارتها من المتحف المصري بالقاهرة ومتحف أثار كفر الشيخ والمتمثلة في مجموعات التوابيت الحجرية والخشبية، فضلاً عن قطع الفنون اإلسالمية من أوان ورنوك وحلى زخرفية، كما يزخر المتحف بمجموعات نادرة من المخطوطات تعود الى فترات زمنية مختلفة منذ الفترة اليونانية والرومانية حتى العصر الإسلامي.
يكتسب المتحف قيمته أيضاً من تواجده في رحاب قصر الزعفران العريق الذي يعود إنشائه الى عام 1901 وما مر به من أحداث تاريخية تعكس صفحات من تاريخ مصر الحديث مثل معاهدة عام 1936 وميثاق الجامعة العربية 1945 ومفاوضات اتفاقية الجالء المصرية عام 1946، دور القصر كمقر رئاسة الجامعة المصرية عام 1925، ثم جامعة عين شمس منذ عام. 1952
وفقاً لنموذج القيمة المؤسسية "القيمة ، الندرة ، التقليد، التنظيم" Value , rareness, Imitability, ) VRIO( Organization ، نجد أن المتحف يشمل قيمة ثقافية حضارية تعليمية ك متحف جامعي يعبر عن تاريخ الفن المصري القديم ، كما أنه متفرد في مجموعاته ذات السياق األثري الموحد، وال يتشابه مع غيره من متاحف الجامعات التي تحوى فقط مجموعات تعليمية للطالب ، كما أن المتحف يد ير موارده المعلوماتية من خالل قاعدة بيانات م حددة وموارده الفيزيائية من تقنيات تكنولوجية وموارده البشرية من خالل األمناء والباحثين والمرميين بالمتحف وموارده المالية وفق لوائح جامعة عين شمس.
مؤشرات الأداء المؤسسي
في المؤسسات الثقافية والمتحفية، يشار إليها باسم مؤشرات األداء الرئيسية (Key performance Indicators – (KPI) يجب وضع مقاييس الأداء لضمان تحسين الأداء والفاعلية والكفاءة والمستويات المناسبة من الضوابط الداخلية.
سيتم تقييم األداء الفردي والمؤسسي لمتحف الزعفران في المجالات الرئيسية الأربعة: حالة المجموعات االثرية، قدرة المتحف على التواصل والتعاون الدولي، وإدارة التشغيل، الخدمات المتحفية.
سيتم التقييم شهرياً وسنويا وفقاً للنظام األمريكي "مقاييس التوازن النسبي" (Balanced Scorecard) والتي تشمل وضع أهداف المتحف ورصد حالة المجموعات االثرية وربطها بأنشطة التواصل والتعاون الدولي للمتحف وما سيحققه المتحف من تنمية لخدمات الزائرين.